もう遺留分の目的物が人の手に渡ってしまっていた、という事例です。
まず、被相続人Ａの遺産総額は5,600万円です。法定相続分は子Ｘと子Ｙそれぞれ2,800万円ずつ、となりますね。遺留分はその半分ですので1,400万円ずつ、となります。しかし、遺言通りの相続が行われると子Ｘが5,000万円、子Ｙが600万円の相続となります。遺留分は1,400万円ですので、子Ｙは800万円分の遺留分を侵害されている、ということになります。というわけで、本来であれば甲土地のうち800万円分（25分の4）の持分移転登記を求めることができます。
しかし上記の事例では、このとき、第三者のＳに所有権が移ってしまっていたわけです。ここで遺留分減殺請求が最優先にされてしまうと、第三者であるＳからしてみれば、すでに自分のものとして登記されていたわけですから、不測の損害が生じる恐れがありますよね。
ここで、民法はこのような場合に備えて規定を設けているんです（1040条）

法律の条文なので難しく書いてありますが、ようするに上述の事案があった場合、第三者Ｓが子Ｙの遺留分が侵害されていることについて何も知らずに（これを「善意」といいます。いわゆる善悪の善という意味ではなく、あくまで「知らなかった」ということを意味します）子Ｘから譲渡を受けていれば「甲土地は返ってこないし、遺留分に相当する持分の移転登記の請求も出来ない」ということになります。これは善意の第三者Ｓに損害が生じさせないためです。寝耳に水の第三者Ｓの気持ちを考えれば当然のことでしょうね（後述しますが、これはあくまで第三者Ｓから建物（所有権）を返還してもらえないということであり、子Ｘに対して弁償を請求することは出来ます）。
では、仮にＳが甲土地の譲渡時において子Ｙの遺留分を侵害していることを知っていた場合（これを「悪意」といいます。こちらもいわゆる善悪の悪という意味ではなく、あくまで「知っていた」ということを意味します）はどうなるでしょうか？この場合、子Ｙは第三者Ｓに対して遺留分相当の甲土地における持分移転登記を請求できることとなります（ただし、Ｓは価額を弁償することにより現物返還（持分登記）を免れることができます）。Ｓからしてみても、遺留分について知っていたのであれば、やっぱり言われてしまったか、と思うことでしょうね。
なお、民法ではこのような場合、第三者Ｓの善意・悪意を問わず、子Ｙは子Ｘに対して価額の弁償を請求できる、としています。子ＹにしてもＳが善意であれば建物（所有権）を返還してもらうことは出来ないですし、Ｓの悪意を立証して建物の取り戻し請求をするより価額の弁償を請求したほうが話は早く進むかもしれません。もちろん、お金に換算できない思い入れのある建物であれば、時間をかける必要もあるかもしれませんが。

このように、民法ではいろいろな事例につき、知らなかった（善意）、知っていた（悪意）ということで物事の判断が変わってきます。これはもちろん相続においても同様なのですね。本日のような事例はよく出てくる事例だと思いますので引き出しの一つに入れておかれるとよいと思います。
遺留分減殺請求については争族の典型的な事例です。相続開始後の話ですので、そもそもこのようなことが起きないような相続を図ることが重要ですね。